孔令辉的父亲是哈尔滨的一名乒乓球教练。在父亲的熏陶下，他7岁就在市少年宫练习打乒乓球；1986年进入省队；1988年进国青队，1991年入选国家队。历年来在国际乒联公布的世界男单排名中占据重要席位：1995年第2，1996年第1，1997年第1，1998年第2，1999年第3。孔令辉属于横握球拍两面弧圈结合快攻打法，正手抽杀力量大，技术上具有鲜明风格。他球感好，球速快，善打多回合，能够在相持中偷袭变线，整体技术全面，堪称一位"乒坛奇才"。

　　1995年度他共获各种冠军20个；1996年奥运会上，与刘国梁合作夺得男双金牌，在国际乒联排名榜上一度位居首位。孔令辉的目标是悉尼奥运会男单冠军。目前，他已正式入选中国乒乓球队出征悉尼奥运会男单、男双(与刘国梁)阵容。孔令辉所用球拍的底板是Avalox5-ply型，海绵胶皮正反面均是蝴蝶Tackifire2.1型。
19[屏蔽]全国少年赛及亚洲少年乒乓球赛，男单冠军；
1990年全国乒协杯赛，战胜中国著名选手陈龙灿；
1991年全国锦标赛，为黑龙江队夺得男团冠军；
1993年9月七运会，男双第三名（与王永刚）；
1994年1月第２届世界青年锦标赛，青年组男单冠军、男团冠军；
1994年2月北京公开赛，男单、男双冠军；在随后举行的中韩乒乓球对抗赛中，战胜刘南奎、金泽洙等世界名将，取得7场单打、2场双打全胜的好成绩；
1994年4月全国精英锦标赛，男单第三名；
1994年5月中国乒协杯，男双冠军；
1994年6月韩国乒乓球大奖赛，男单冠军；
1994年9月第12届亚锦赛，男单、混双（与邓亚萍）、男团冠军；
1994年10月第12届亚运会，混双（与邓亚萍）、男团冠军；
1994年11月第16届意大利国际乒乓球公开赛，男双冠军（与张雷）；
1994年11月瑞典公开赛，男团亚军；
1995年2月中国明星赛，男单冠军、混双冠军（与邓亚萍）；
1995年5月第43届世乒赛，男团、男单冠军、混双亚军（与邓亚萍）；
1995年6月爱普生世界明星赛，男单冠军；
1995年6月中国大奖赛，男单冠军；
1995年10月世界杯赛中，男单冠军；
1995年10月第3届城运会，男单冠军；男双第三名（与张鹏）；
1995年12月亚洲杯团体赛，男团冠军；
1996年4月中国乒协杯赛，男双（与刘国梁）、男单冠军；
1996年7月第26届奥运会，男双冠军（与刘国梁）；
1997年4月第44届世界锦标赛，与王涛、刘国梁、丁松和马[屏蔽]合作，获团体比赛冠军；男双冠军（与刘国梁）、混双亚军（与邓亚萍）、男单并列第三名；
1997年7月美国公开赛，男单冠军；
1997年9月中国乒乓球大奖赛，男双冠军（与刘国梁）；
1997年10月八运会，男团第二名；
1997年国际乒联巡回赛，天津、美国、马来西亚公开赛男单桂冠；
1998年3月爱立信中国乒乓球擂台赛，冠军并成为男子总擂1998年6月马来西亚公开赛，男单、男双（与刘国梁）第2名；
1998年6月 "荻村杯"全日本乒乓球公开赛，男单冠军；
1998年8月全国乒乓球俱乐部甲级联赛，代表黑龙江金太阳明星俱乐部参赛获男团第3名；
1998年8月澳大利亚公开赛，男单、男双（与刘国梁）冠军；
1998年9月中国乒乓球大奖赛，男双第3名（与刘国梁）；
1998年9月全国锦标赛，男单冠军；
1998年12月第十三届亚运会，男团、男双（与刘国梁）冠军、男单并列第3名

1999年4月爱立信中国乒乓球擂台赛决赛，男子第２名；
1999年第45届世乒赛，男双冠军；
2000年第45届世乒赛团体赛，男团亚军中国队主力。